所得税基本通達38-4の2
38－4の2（借地権等を消滅させた後、土地を譲渡した場合等の譲渡所得に係る取得費）
借地権等の設定されている土地の所有者が、対価を支払って当該借地権等を消滅させ、又は当該借地権等の贈与を受けたことにより当該借地権等が消滅した後に当該土地を譲渡し、又は当該土地に新たな借地権等の設定（その設定による所得が譲渡所得とされる場合に限る。以下38－4の3までにおいて同じ。）をした場合における譲渡所得の金額の計算上控除する33－11の2に定める旧借地権部分及び旧底地部分に係る取得費は、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に掲げる算式により計算した金額によるものとする。（昭56直資3－2、直所3－3追加）
(1) 当該土地を譲渡した場合
イ 旧借地権部分に係る取得費
{旧借地権等の消滅につき支払った対価の額(A)}×{(当該土地のうち譲渡した部分の面積)／(当該土地の面積)}
(注) 「旧借地権等の消滅につき支払った対価の額」は、法第60条第1項《贈与等により取得した資産の取得費等》の規定の適用がある場合には、同項の規定により計算した金額となる。
ロ 旧底地部分に係る取得費
{譲渡又は借地権等の設定をした土地の取得費(B)－先に設定した借地権等につき38-4により計算した取得費とされた金額(C)}×(当該土地のうち譲渡した部分の面積)／(当該土地の面積)
(2) 当該土地につき新たに借地権等の設定をした場合
イ 旧借地権部分に係る取得費
{(B－C)+A}×[{新たに設定した借地権等の対価の額(D)}／{新たに借地権等の設定をした時の土地の更地価額(E)}]×[A／{(B－C)+A}]
ロ 旧底地部分に係る取得費
{(B-C)+A}×D／E×[(B－C)／{(B－C)+A}]
※内容については正確を期するようにしておりますが、最新の情報等については国税庁ホームページ等での確認をお願いいたします。
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