所得税基本通達181～223共-6
181～223共－6（源泉徴収税額に係る過誤納金の還付）
源泉徴収税額に係る次に掲げる過誤納金は、当該源泉徴収税額を納付した徴収義務者に還付するものとする。この場合において、当該過誤納金が給与等に係るものであるときは、当該源泉徴収税額に係る納税地の所轄税務署長は、通則法第56条《還付》の規定による還付に代えて、当該徴収義務者から届出書を提出させ、当該過誤納金に相当する金額を、当該届出書を提出した日以後に当該徴収義務者が納付すべきこととなる給与等に対する源泉徴収税額（当該過誤納金の生じた給与等の支払をした事務所等に係るものに限る。)から控除させることにより、当該過誤納金を還付することができるものとする。
（1） 徴収義務者が源泉徴収税額として正当税額を超えて納付した場合におけるその納付した金額と正当税額との差額に係る過誤納金
（2） 源泉徴収の対象となった支払額が誤払等により過大であったため徴収義務者が返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金
（3） 源泉徴収の対象となった支払額が条件付の支払によるものであったため、その条件の成否により徴収義務者が既に支払った金額の全部又は一部の返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金
※内容については正確を期するようにしておりますが、最新の情報等については国税庁ホームページ等での確認をお願いいたします。
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